Dipartimento Genomica Medica
Nell’area deputata alla genomica medica si trovano le apparecchiature dedicate all’analisi completa del codice genetico grazie alla presenza di strumenti di ultima generazione nella ricerca scientifica biomedica.
Il cuore del dipartimento è il sequenziatore Illumina NovaSeq 6000, l’ultimo modello del portfolio di Illumina, azienda leader per il sequenziamento di nuova generazione (NGS - Next Generation Sequencing) a livello mondiale per gli studi di genomica. Il NovaSeq 6000 ha la capacità sequenziare l’intero genoma di circa 60 campioni in meno di 44 ore e possiede svariate applicazioni utili per numerose attività di ricerca sia sul DNA che sul RNA.
Un altro strumento importante è il sistema Hamilton Microlab Star, che permette la preparazione dei campioni per il successivo sequenziamento, ed è capace di processare velocemente in modo automatizzato e standardizzato fino a 96 campioni contemporaneamente. Inoltre, il laboratorio è anche predisposto per la conferma dei dati ottenuti dal sequenziamento su colture cellulari, in modo da contribuire al progresso della ricerca scientifica.
Dipartimento Genomica Computazionale
L’area dedicata alla genomica computazionale è adibita alla generazione di programmi di bioinformatica adatti all’analisi a all’interpretazione dei dati del DNA provenienti dal sequenziatore. Si trovano qui, oltre ad un cluster di virtualizzazione per supportare le attività del laboratorio e le fasi di pre-processing dei dati genomici, particolari workstation, ciascuna costituita da processori a 16 core, 2 GPU e 32 Gb di RAM, dedicate alla programmazione e allo sviluppo di specifici software, creati appositamente per gli scopi di diagnosi e ricerca dai ricercatori del centro.
Il CMP3VdA, inoltre, è dotato di una complessa infrastruttura informatica costituita da una rete veloce in fibra ottica che consente il trasferimento dei dati in modo sicuro e criptato fino alla sede di Pont-Saint-Martin dell’azienda partner Engineering D.HUB. Lì si trova il centro di High Performance Computer (HPC), composto da 12 nodi computazionali (CPU, GPU e CPU FAT) e da un sistema di storage ad altissime prestazioni da 100TB, che si appoggia ad un sistema di archiviazione ridondato geograficamente con una capacità netta di 3PB + 3PB, e da altri 6 nodi per ospitare la piattaforma di Electronic Health Record management e i servizi ausiliari. Tutti i processi di raccolta e di conservazione dei dati sono garantiti da rigidi standard europei ed internazionali, che prevedono anche un doppio salvataggio degli stessi in un ulteriore data center di Engineering D.HUB situato a Vicenza.